《秘密授课》是一部奇幻校园悬疑漫画。私立英华高中有一个流传已久的传说：每到月圆之夜，教学楼顶层的废弃教室会亮起灯光，名为“秘密授课”。主讲人“K”是一个戴着面具的神秘教师，他会为收到“邀请函”的问题学生，讲授关于“世界本质”的超纲课程。每个学生看到的课程内容都不同：有人看到的是数学公式构建的魔法阵，有人看到的是历史事件背后的时间线操控。而这些学生，在听课之后，都在现实中觉醒了不可思议的能力。
K老师进行了最后一次授课，他摘下了面具，揭示了自己是学校百年前创始人的真相。他邀请学生们做出选择：是让学校沦为量产平庸之物的工厂，还是成为孵化奇迹的摇篮。
一个学生发现自己的能力是“看到选择的分支线”。他每次都因为犹豫不决而看到无数悲惨结局。K老师给他的课程是“闭上眼睛，听从内心”，让他学会了在混沌中做出最优选择。
一个体育特长生收到了邀请函，他总觉得自己能“看到下一秒”。K老师的课程揭示了真相：他的能力不是预知，而是“时间跳跃”，他每一次受伤，都是因为在过去某个节点做出了错误的“闪避”。
音乐教室发生“自燃”事件，警方定性为意外。但参加过秘密授课的学生发现，这是一起利用“绝对音感”操控频率杀人事件。他们利用各自的能力，开始私下调查，揭露了校园里的阴谋。
学生会会长是个完美主义者，他在月圆之夜收到了一张烫金邀请函，上面写着：“你知道的越多，越会发现这个世界配不上你的认知。要来听听‘真实’吗？”他按耐不住好奇心，推开了顶楼教室的门。
新学期伊始，问题学生若菜被老师惩罚打扫旧校舍。她在顶楼发现了一间明明不存在于建筑图纸上的教室。午夜十二点，教室灯光骤亮，一个戴着乌鸦面具的男人出现在讲台上。